Niezależność prokuratora w zakresie prowadzonych postępowań musi być połączona z mechanizmem pozwalającym oceniać jakość jego pracy i reagować na poważne lub powtarzające się nieprawidłowości. Funkcję nadzorczą powinien sprawować Prokurator Okręgowy, który odpowiada za prawidłowe funkcjonowanie prokuratury na terenie całego okręgu.Nadzór nie daje jednak Prokuratorowi Okręgowemu prawa ingerowania w sposób prowadzenia konkretnego postępowania. Nie może on nakazać postawienia zarzutów, umorzenia sprawy, zmiany kwalifikacji prawnej ani podjęcia innej określonej decyzji procesowej. Kontrola powinna mieć przede wszystkim charakter następczy i opierać się na obiektywnych zdarzeniach pozwalających ocenić prawidłowość pracy prokuratora.Dlatego analizie powinny podlegać w szczególności sprawy, w których sąd uwzględnił zażalenie na decyzję prokuratora, uchylił jego rozstrzygnięcie albo w innym przewidzianym prawem trybie stwierdził nieprawidłowość, a także przypadki przewlekłości postępowań, zasadnych skarg i innych stwierdzonych uchybień.Samo uchylenie decyzji nie może jednak prowadzić do odpowiedzialności dyscyplinarnej. W praktyce mogą występować różnice w interpretacji prawa, ocenie dowodów czy kwalifikacji prawnej. Pojedyncze uchybienie, uwzględnione zażalenie lub odmienna ocena prawna nie powinny być traktowane jako przewinienie dyscyplinarne.Inaczej należy oceniać sytuację, w której analiza kolejnych spraw tego samego prokuratora wskazuje na powtarzające się, poważne i zawinione naruszenia, rażące błędy, przewlekłość albo nierzetelne wykonywanie obowiązków. W takim przypadku Prokurator Okręgowy powinien mieć prawo skierowania sprawy do postępowania dyscyplinarnego.Na tym jego kompetencja powinna się kończyć. Osoba sprawująca nadzór i inicjująca postępowanie nie powinna jednocześnie rozstrzygać o winie i wymierzać kary. Pozwala to uniknąć sytuacji, w której Prokurator Okręgowy mógłby wykorzystywać odpowiedzialność dyscyplinarną do wywierania nacisku na podległych prokuratorów.O odpowiedzialności powinien orzekać losowo wybrany trzyosobowy skład Krajowej Rady Prokuratorów, zgodnie z zasadami niezależności i wyłączenia członków określonymi dla tego organu.Katalog sankcji powinien być określony ustawowo i stopniowany odpowiednio do charakteru oraz ciężaru przewinienia – od kar o charakterze porządkowym i zawodowym po usunięcie ze służby prokuratorskiej w najpoważniejszych przypadkach. Żaden Prokurator Okręgowy ani Rejonowy nie powinien mieć prawa samodzielnego usunięcia prokuratora z zawodu.Od orzeczenia dyscyplinarnego powinno przysługiwać odwołanie do niezależnego sądu, zapewniające zewnętrzną kontrolę prawidłowości postępowania i zastosowanej sankcji.Tak skonstruowany system rozdziela trzy funkcje: Prokurator Okręgowy nadzoruje i wykrywa nieprawidłowości, niezależny skład Krajowej Rady Prokuratorów rozstrzyga o odpowiedzialności, a sąd zapewnia zewnętrzną kontrolę orzeczenia. Pozwala to jednocześnie chronić niezależność prokuratora i egzekwować odpowiedzialność za nierzetelne wykonywanie obowiązków.